Friday, December 28, 2007

Linux im Gesundheitswesen bei RadioTux


Als ich so darüber nachdenke wie sich GNUmed so entwickelt hat fällt mir ein, dass RadioTux vor Jahren mal ein Interview mit Karsten zu dem Thema gemacht hat. Die Kollegen von RadioTux gibt es noch heute und die haben sogar ein Archiv zu alten Sendungen.

Es stellt sich heraus, dass die Sendung 38 aus dem Jahr 2003 das Interview enthält (etwa ab Minute 6:49). Hört es euch an (ogg | mp3) wenn ihr wissen wollt was wir 2003 zu sagen hatten und was sich davon bis heute erhalten hat.

Im Archiv fand ich dann gleich noch zwei aktuelle (2007) Beiträge zu APW-Linux mit Claudia Neumann (mp3) und zu Linux im Gesundheitswesen von Karl-Heinz Heggen (ogg | mp3).

Wer Spass an den Sendungen hatte und RadioTux unterstützen möchte, der möge sich bitte die Supportseite ansehen.

Wednesday, December 26, 2007

GNUmed 0.2.8.0 meets Osirix on Mac OSX

en_US

Finally. Since packaging 0.2.7.1 I started to find my way around a Mac. GNUmed 0.2.8.0 has been released a few days ago and I still could only provide the previous version. Those days are over. We fixed a bug that kept us from producing a correspondig database natively on Mac OS. We are up to version 8 now.

Right after producing a current database logging in and using GNUmed was a piece of cake. Furthermore GNUmed now interacts with Osirix. Choose 'Dicom viewer' from GNUmed's main menu and you will be taken to Osirix.

Version 3.0 of Osirix comes with an XML-RPC gateway. This could lead to even tighter interaction. One could imagine a setup at a cardiologists office where Cath and Echo procedures are stored in a Dicom PACS. GNUmed could then jump to the current patient/study inside Osirix and display it.

Furthermore GNUmed has a XML-RPC interface as well. So Osirix could theoretically send information on newly imported studies/patients from Echo or Cath procedures to GNUmed's document archive. IT could even add a line in the EMR and open a plugin to document findings (progress note or echo results)

Unfortunately Osirix 3.0 requires Mac OS 10.5 which won't be available to many including us.



de_DE

Endlich gibt es nun auch ein Paket von der Version 0.2.8.0. Nachdem ich für die Vorgängerversion gelernt habe wie man Pakete baut, war es nun deutlich leichter. Es gab noch einen Fehler in der Version 0.2.8.0, der auf MAcs verhindert hat, dass sich eine aktuelle Version 8 der Datenbank erstellen liess. Dies ist aber behoben und daraufhin liess sich GNUmed auch gleich problemlos nutzen.

Zusätzlich ist mir aufgefallen, dass bei installiertem Dicom-Betrachter Osirix dieser problemlos über das GNUmed Hauptmenü gestartet werden kann.

Wie ich hörte bringt Osirix 3.0 eine XML-RPC-Schnittstelle mit. Das ist insofern interessant als das es darüber möglich wird Osirix von GNUmed fernzusteuern. So können z.B. in einer kardiologischen Praxis alle Echos und Katheter digital im PACS archiviert werden und via Osirix angesprochen werden. In der GNUmed-Karteikarte und im Archiv finden sich dann jeweils Verweise darauf und die Studie kann direkt in Osirix angezeigt werden.

Anders herum kann Osirix so erweitert werden, dass beim Einlesen von Fremd-CDs Patieten in GNUmed aufgerufen (ggf. neu angelegt) werden können und so gleich eine Konsultation in die Karteikarte kommt.

Leider ist das erst an Version 3.0 von Osirix möglich und dafür braucht man Mac OS 10.5, was viele von uns nicht haben werden.

Das neue Paket ist zu finden unter http://www.gnumed.de/downloads/client/0.2/GNUmed-client.0.2.8.0.dmg

Danke auch an die Entwickler der Kalendersoftware Chandler , die mir gezeigt haben wie man ein Python so packt, dass es für GNUmed unabhängig vom System zur Verfügung steht.

Tuesday, December 25, 2007

GNUmed - on Mac OS X for real

en_US

A number of times I have announced that GNUmed runs on Mac OSX. Well it has run for a year or so but unlike GNU/Linux there is no central repository to host software. Mac OSX has two established means to distribute software. First one is to create so called application bundles (*.app) which come packaged into disk images (*.dmg). These application bundles usually contain every software dependency needed to run a software. Same for GNUmed.

The GNUmed client for Mac OSX comes with batteries included. No need to install a recent version of MacPython, WxPython, Psycopg2 and so on. Just click and run. It is roughly a 50MB download.

For developers I really recommend getting eclipse to get the sourcecode via CVS. Furthermore it is recommended to grab the dependency packages from MacPython. Python 2.4 is fine.

Most likely I will provide a second package that truly installs itself in the filesystem just as python & friends do.

I even managed to bootstrap a local database version 7 on a native Mac OS PostgreSQL. You can simply run the script "bootstrap-latest.sh" in a Terminal and you are good. For all users not wanting this they can simply choose the "public database" profile and connect to our Internet database.

The Mac package can be gotten from http://www.gnumed.de/downloads/client/0.2/GNUmed-client.0.2.7.1.dmg.zip




de_DE


Ich habe schon einige Male angekündigt, dass GNUmed unter Mac OSX läuft. Das stimmt auch seit über einem Jahr. Allerdings ist das so eine Sache mit den Paketen auf dem Mac. Anders als bei GNU/Linux gibt es keine zentrale Quelle in die man GNUmed hineintun könnte.

Beim Mac wird Software auf zwei verschiene Arten weitergegeben. Einmal gibt es da die sogenannten Applikationsbündel, die alles mitbringen was nötig ist damit eine Software läuft. Und zum Anderen kann sich Software richtig installieren.

Für die zweite Methode braucht es spezielle Pakete für Python. WxPython usw. Das macht kaum ein Anwender. Entwicklern hingegen empfehle ich sich GNUmed aus dem CVS über Eclipse zu besorgen, sich einen MidnightCommander zu installieren und direkt darüber zu arbeiten.

Für Endanwender gibt es jetzt endlich ein Version, die nur aus Klick und Run besteht. Alle Voraussetzungen werden erfüllt.

Sogar eine lokale PostgreSQL Datenbank liess sich problemlos nativ auf MacOS X erzeugen. Einfach nur das script "bootstrap-latest.sh" ausführen und ab geht die Post. Alle die das nicht wollen können einfach das Profil "salaam.homeunix.com" auswählen und stattdessen unsere öffentlich Internetdatenbank verwenden.

http://www.gnumed.de/downloads/client/0.2/GNUmed-client.0.2.7.1.dmg.zip

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GNUmed - Google Analytics

en_US

The other day I wondered how to get information on who is checking out GNUmed. Over the past few years I have observed that subscribing to the GNUmed mailing list is not at the top of the list. When we started our Wiki we had some people registering even if that wasn't neccessary. When ever a release was due traffic spiked but we still had no idea who was looking for GNUmed. That changed when I came across Google analytics. I started using that service a few days ago for wiki.gnumed.de, blog.gnumed.de and planet.gnumed.de.

I have learned some interesting facts. The Wiki is actively used and a visitor stays about 4 minutes. Most people are looking for Windows installation binaries. Top language is Englisch followed by German. In the last few day there have been visitors from 41 countries and 99 cities. Most people came directly via gnumed.org, via Google or via freshmeat.net.

Due to that fact I have translated the Windows installer Wiki page into German. Furthermore I now know that I need to beef up my pages at hilbros.de, gnumed-systemhaus.de as well a provide more localized content.

Request are coming in from few pages that don't reach out beyond the traditional software enthusiast crowd. Some marketing is required here (can you say linuxtoday.com, Circulation :-) ) to get the word out. I might just design a few 'I support GNUmed buttons' for websites.

Let's see what info can be derived in a month or so.

de_DE


In den vergangenen Tagen habe ich mich gefragt wie ich herausbekomme wer sich für GNUmed interessiert. Wir haben festgestellt, dass Interessenten nur sehr ungern eine E-Mailliste abonnieren. Als wir dann unser Wiki System online hatten wurde uns klar, dass es doch einige Interessenten gibt. Als ich dann über Google Analytics stolperte begann ich diesen Service zu nutzen. Ich registrierte wiki.gnumed.de, blog.gnumed.de und planet.gnumed.de so, dass ich eine Überblick über die Besucher bekomme.

Obwohl erst Daten von wenigen Tagen vorliegen zeigen sich doch interessante Dinge. Ein Besucher bliebt ca. 4 Minuten auf den Seiten und ruft durchschnittlich 3 Seiten ab. Am häufigsten wird GNUmed als Installationspaket für Windows gesucht. In erster Linie sprechen die Besucher aus 41 Ländern und 99 Städten English, gefolgt von Deutsch.

Das hat mich dazu veranlasst mehr deutsche Inhalte anzubieten. Die Installationsanleitung wurde jetzt auch in deutscher Sprache hinterlegt.

Zuweisende Webseiten sind gnumed.org, Google und freshmeat. Es zeigt sich, dass die Reichweite kaum über Softwareenthusiasten hinausgeht. Hier müssen über facharzt.de usw. noch mehr Leute erreicht werden. Sinnvoll erscheint mir auch eine Kampagne mit 'Ich unterstützte GNUmed' Knöpfen für die eigene Homepage.


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Sunday, December 23, 2007

GNUmed on Nokia N810

The guys from Nokia/Maemo have accepted my proposal to make GNUmed run on their N810. Since it is a Debian(ARM)/GTK based device it should be possible to make GNUmed run on it. On Debian we depend on python and wxpython (GTK).


For now GNUmed 0.2.7.1 there is a dependecy which keeps it from building on ARM but that can hopefully be fixed for the current 0.2.8.0 release.



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Friday, December 21, 2007

GNUmed 0.2.8.0 for OpenSUSE

en_US

GNUmed packages are now available for OpenSUSE 10.2, 10.3 and Factory. Grab them while they are still hot at

http://download.opensuse.org/repositories/home:/SebastianHilbert/

de_DE


Die neue GNUmed-Version 0.2.8.0 steht nun in Form von Paketen für OpenSUSE 10.2, 10.3 und Factory zur Verfügung

http://download.opensuse.org/repositories/home:/SebastianHilbert/

Thursday, December 20, 2007

GNUmed 0.2.8.0

Karsten reports:

en_US
I have tagged and released version 0.2.8.0. Get it from

http://www.gnumed.de/downloads/

You'll need to upgrade your database to version v8. Upgrade
scripts are provided with the server package.

The feature list is here:

http://wiki.gnumed.de/bin/view/Gnumed/RoadMap#ReleaseCurrent

de_DE
Karsten hat für GNUmed die Version 0.2.8.0 markiert und veröffentlicht.

http://www.gnumed.de/downloads/

Die Datenbank muss auf Version v8 aktualisiert werden. Updateprogramme sind im Serverpaket enthalten.

Die Liste der Neuerungen ist hier:
http://wiki.gnumed.de/bin/view/Gnumed/RoadMap#ReleaseCurrent


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Wednesday, December 12, 2007

GNUmed auf den Linuxtagen Chemnitz

Am 01.03.2008 und am 02.03.2008 finden wieder die Linuxtage in Chemnitz statt. Wir haben uns entschlossen in guter Tradition daran teilzunehmen. Die PostgreSQL-Leute haben angeboten einen Stand direkt neben dem PostgreSQL-Sand zu organisieren. Das wäre eine feine Sache. Bekanntermassen setzt GNUmed PostgreSQL erfolgreich ein.

In den nächsten Tagen (im Dezember) wird die Version 0.2.8.0 erscheinen. GNUmed erhält damit unter Anderem die Funtionalität, dass eine Person unter mehreren Namen und mehreren Adressen bekannt sein kann. Das ist eine Funktion, die wir in gängigen Praxisprogrammen vermissen. Über alle weiteren neuen Funktionen werden ich separat berichten.

Ein wenig Vorschau noch für version 0.2.8.x oder 0.2.9. Das exzellen Dicom-Viewer Tool Osirix hat in der Version eine XML-RPC Schnittstelle erhalten. Ich hoffe, dass wir die neue Version auf dem Mac gut hinbekommen und eine gute Archivintegration mit Osirix erreichen können. Damit könnten dann z.B. Herzkatheter-CDs in einem PACS archiviert werden und im GNUmed-Archiv verlinkt werden.

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Sunday, December 02, 2007

GNUmed recognized for inspiring usage of PG inheritance

I came across a blog that deals with inheritance in PostgreSQL and how this particular author had trouble getting it sorted out.

But what is more remarkable than the use of PostgreSQL itself is the fact that two GNUmed source code files are cited as good use of the feature.

While Karsten can be proud of having produced code helping others I personally once more feel thankful for FOSS where one can learn a lot more from a source code example then just plain referance material.



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Friday, November 23, 2007

Bluez Linux no passkey-agent registered

For a GNUmed addon we are working on we need a mobile phone connected to a PC for automatic SMS receival.

There are several packages for Linux available such as Gnokii or Gammu. Each of them supports multiple phone modules. I got a Nokia 6310i online because it is listed as a supported model. Cable connection worked with Gnokii but is unreliable at best. I don't know if this a hardware bug or a software bug.

I switched to bluetooh but it doesn't get much better. I use Gentoo and a very recent bluez package. For some reason the phone is very picky about the USB bluetooth dongle. This is a firmware problem. One is supposed to upgrade to v7.0 oder 5.20. But you need a Nokia service center to do this.I tried a MSI PC2PC bluetooth dongle but that doesn't work so I got another noname dongle which does work. The bluetooth chip in my Lenovo R60 works as well.

Anyway on my OpenSuse 10.3 paring is no problem for either the internal bluetooth or the noname USB bluetooth dongle but on the server I run Gentoo without X. The paring process is a PITA. On a GNOME system the graphical bluetooth applet helps a lot with the pairing but on a system without Xserver the process fails.

If you use hcitool and hcidump you find out that apprently no passkey-agent gets registered. There is a commandline tool calles passkey agent which can be invoked like : passkeyagent --default 0000. Part of the problem seems to be that pairing seems to be split into bonding and authentication. Well bonding seems to work as the phone wants me to input a PIN number but then it just sits there.

As far as I have learned there are three modes to do the authentication: 'auto, 'user' and 'none'. I chose 'user' mode because this supposedly asks the user for the PIN.

Bluez changed quite a bit so the pin_helper option in the hcid.conf file is no more. It is managed by the passkey option nowadays.

Anyway after manually registering a passkey-agent it doesn't bail out but Gnokii doesn't connect when I issue 'gnokii --identify'. Hcidump tells me that a pin request is issued but is cancelled later on.

I am now trying to install an Xserver to make use of the graphical passkey-agents since it is no hardware issue apparently.

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Monday, November 12, 2007

GNUmed project statistics

de_DE

GNUmed ist nicht nur als Software für Ärzte interessant. Es gibt einige interessante Statistiken von oloh.net und koders.com



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Thursday, November 08, 2007

GNUmed - as easy as it gets ?

de_DE
Wie findet man die richtige Mischung zwischen sauberer Programmierung und Anwenderfreundlichkeit ?

Vor dieser Frage stehen wir oft. Im Laufe der Zeit ist es immer leichter geworden GNUmed zu installieren. Das ist gut denn die Installation kommt vor der Nutzung. Ziel ist ja, dass viele Nutzer etwas vom Programm haben. GNUmed existiert aktuell für Debian, openSUSE und Mandrake sowie Ubuntu. Aber selbst die native Installation fällt einigen Anwendern schwer.

Immer wieder wurden wir angesprochen, dass GNUmed so installiert werden soll, dass GNUmed nach dem Download läuft ohne, dass noch Sachen installiert werden müssen. Ich bin gestern auf Chandler (www.chandlerproject.org) gestossen. Und die haben vor uns erkannt wie es geht. Also habe ich mich umgeschaut.

Ab Version 0.2.8.0 wird es eine Version geben, die sofort nach dem Download läuft ohne, dass Zusatzpakete wie python, wxpython usw. installiert werden müssen.

Wer openSUSE hat profitiert von der One-Click-Installation - Klick & install. Für alle Linuxdistributionen kann der Anwender wählen ob die nativen Pakete installiert werden sollen oder die Download & Run Version zum Einsatz kommen soll.

en_US
A frequent user request has been an even easier installation than what we have now. We have packages available for Debian , Ubuntu , openSUSE and Mandrake. It turns out that this method works well for the experienced GNU/Linux user but is not ideal for beginners.

Since I stumbled upon the chandler project I discovered a way to get GNUmed running easier. They managed to get rid of using system wide python installation. Nice. Same will hold true for version 0.2.8.0. Download and run is the magic concept.


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Sunday, November 04, 2007

GNUmed, Debian, UMTS und mehr

Uwe hat die zwei Stunden Fahrt auf sich genommen und ist nach Leipzig gekommen. Wir haben auf seinem IBM T40p Notebook Debian GNU/Linux installiert.
Dann wurde GNUmed als stabile Version 0.2.7.1 und als CVS-Version installiert. Das involvierte wenig mehr als apt-get install gnumed-client.

Als wir das fertig hatten und mit dem client auf die öffentliche Datenbank zugreifen konnten, wurde die E-PLUS UMTS-Karte in Betrieb genommen. Debian hat die Karte selbständig erkannt. Aus Zeitmangel haben wir statt kppp dann die Programme pon/poff zur An/Abwahl genommen.

Dann haben wir getestet ob darüber GNUmed nutzbar ist. Wit haben das Netzwerkkabel abgezogen und uns errfolgreich mit der öffentlichen Datenbank verbunden. Insgesamt erschien mir die Bandbreite von UMTS etwas schmal aber es lief alles stabil. Für den Hausbesuch ist die Lösung mit GNUmed also allemal geeignet.

Zu guter Letzt haben wir noch von Gnome auf KDE umgestellt weil damit mehr Erfahrung vorhanden war. Ein einfaches apt-get install kde und die Sache war erledigt.

Für die Inbetriebnahme des WLAN mussten wir Nichts weiter tun als den Anweisungen folgen. Es zeigten sich sofort alle Zugangspunte im Umkreis. Lediglich Networkmanager zickt noch rum sodass momentan die Auswahl der Zugangspunkte manuell erfolgen muss.


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Wednesday, October 31, 2007

GNUmed Windows Datenbank Fix

Der Fehler, der unter Windows zu einem ständigen Neuanlegen von Patienten aus xDT-Dateien geführt hat ist behoben. Neue Installationspakete folgen wie gewohnt unter http://www.gnumed.de/downloads/


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GNUmed Vortrag

Karsten hat auf der Python Konferenz in Leipzig einen Vortrag zu GNUmed gehalten. Die Ankündigung gibt es hier . Die Kollegen haben ein Video davon erstellt. Dauer ist ca. 20 Minuten. Es gibt den Vortrag auf DVD oder auch in geringerer Qualität hier zum download.

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Sunday, October 28, 2007

GNUmed weekly 43/2007

GNUmed 0.2.7.2 is around the corner. Some bugs have been fixed.

Feedback from Mandriva users. Apparently the openSUSE spec file has been used to build Mandriva packages.

openSUSE packages for 10.2 and 10.3 are available through a repository and OneClick installation
If you are running OpenSUSE 10.3 click this link to install gnumed-client . To add the repository through yast see here .
For zypper on the command line run as root:
zypper sa http://download.opensuse.org/repositories/home:SebastianHilbert/openSUSE_10.3 MedicalFOSS

Ubuntu Gutsy has been updated with a patched package that solves the psycopg2 related problem.
Just add: deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ gutsy-proposed universe to your /etc/apt/sources.lst

There is one bug left for Windows and PostgreSQL 8.2 but this will be fixed for 0.2.7.2.

More exciting developement has occured in CVS head. A backend listener has been implemented. For details see here.

We are currently looking into ways to get input from devices such as Biotronik Cardiomessenger or SMS from mobile phones into GNUmed. Stay tuned for more details.


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Sunday, October 21, 2007

GNUmed client RPM available

en_US

I have finally gotten around to learn to produce rpm packages. In theory it is
really easy. The hard part is to get the install part right. While the rpms
are by no means perfect they should do the job for openSUSE 10.3 . I guess
with few modifications they should work on Mandriva and Fedora as well.

I am posting early revisions at the usual download space for all to try.
I am planning on using Novell's buildservice later on.

http://download.opensuse.org/repositories/home:/SebastianHilbert/openSUSE_10.3/i586/

Feedback is greatly appreciated. Log files of attempts to tun the thing as
well.

log files will turn up at /home/foouser/.gnumed/gnumed.log

It is advisable to place a config file at /home/foouser/.gnumed/gnumed.conf
A useful sample can be gotten from
http://cvs.savannah.gnu.org/viewvc/*checkout*/gnumed/gnumed/client/gm-from-cvs.conf?revision=1.17&root=gnumed

and rename it to gnumed.conf

de_DE
Ich habe mich mal hingesetzt und in kanpp 24h das 1x1 des Paketerstellens gelernt. Ich benutzte openSUSE 10.3 und das arbeitet mit RPM-Paketen. Diese werden auch von Mandriva und Fedora verwendet. Nach unzähligen Versuchen und Anpassungen des Rezeptes (spec-Datei) kamen dann drei Pakete für GNUmed 0.2.7.1 heraus.

http://download.opensuse.org/repositories/home:/SebastianHilbert/openSUSE_10.3/i586/

Ich hoffe sehr auf Rückmeldungen damit die Pakete verbessert werden können.
Log-Dateien erscheinen unter /home/foouser/.gnumed/gnumed.log

Es ist ratsam eine Konfigurationsdatei unter /home/foouser/.gnumed/gnumed.conf abzulegen. Eine hilfreiche Beispieldatei findet sich unter

http://cvs.savannah.gnu.org/viewvc/*checkout*/gnumed/gnumed/client/gm-from-cvs.conf?revision=1.17&root=gnumed

und sollte als gnumed.conf gespeichert werden.

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Friday, October 19, 2007

gmSnellen is back

en_US
GNUmed now carries gmSnellen again. One can access it through the menu.
http://en.wikipedia.org/wiki/Snellen_chart

de_DE
GNUmed hat wieder eine Augentafel für Sehprüfungen. Die Tafel ist medizinisch nicht validiert und dient daher nur der Übersicht oder im Notfall.






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Sunday, October 14, 2007

GNUmed live CD cooking

en_US
Thanks to the Debian Live project I have been able to produce a set of live images. The first version is a bootable CD based on a stable Debian version . Right now I have just added the GNUmed client. The new issue here is less a bootable CD but rather the possibility to produce an up-to-date CD as soon as a new version of GNUmed is released. I have decided to go with KDE for now but this might change to XFCE or GNOME if there is demand.

I have yet to extend this CD with a PostgreSQL server and a GNUmed database. There is no customized artwork yet but this will change with future versions.

Version 0.2.7.1 is around the corner as a few nasty bugs have been discovered by our users and subsequently been debugged and fixed.

de_DE
Dank Debian Live ist es nun endlich möglich regelmässig mit Erscheinen einer neuen GNUmed-Version eine aktuelle Live-CD anzubieten. Vorbei sind die Zeiten in denen aufwändig KNOPPIX CDs angepasst werden mussten. Fast auf Knopfdruck kommt jetzt einer aktualisierte Version daher.

Ich bin mir noch nicht sicher ob XFCE, KDE oder GNOME das Rennen machen wird. Hängt massgeblich von den Nutzerwünschen ab.

GNUmed 0.2.7.1 steht vor der Fertigstellung und behebt eine Reihe von Schönheitsfehlern unter Windows und GNU/Linux.


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Tuesday, October 02, 2007

GNUmed server unter Debian GNU/Linux

en_US
A few people have asked for instructions to install a GNUmed server part, namely database. Well, some time ago Karsten introduced the script 'dh-install_gnumed_server.sh' This so rocks. Just download the script, become root and run it. It will install all the packages needed and produce a current database. Do not run this script if you have a working database already as it will destroy it (after asking you to confirm). Use the upgade-db script like this instead: upgrade-db.sh 6 7.

I have used this today to set up a database on a Debian server and an Ubuntu Feisty vmplayer image without problems.

de_DE
Einige Leute haben um Instruktionen zur Installation des Serverteils von GNUmed ersucht. Da fiel mir ein, dass Karsten vor einigen Wochen das Skript 'dh-install_gnumed_server.sh' bereitgestellt hat. Einfach das Skript herunterladen und installieren. Dadurch werden automatisch alle notwendigen Voraussetzungen erfüllt und eine aktuelle GNUmed-Datenbank erzeugt. Aber Vorsicht. Das Skript sollte nicht verwendet werden wenn bereits eine funktionsfähige Datenbank existiert ! Für diesen Fall sollte das Skript upgade-db wie folgt verwendet werden : upgade-db.sh 6 7.

Ich habe das auf zwei Rechnern mit Debian und Ubuntu Feisty ausprobiert und es funktioniert sehr gut.


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Sunday, September 30, 2007

GNUmed update - no problem

en_US

This weekend I have finally gotten around to update our production server using GNUmed as a document archive for the propietory software Turbomed. All I had to do was run the provided update script. This took care of a backup and started the update process. The backup which included compressing it with bzip took about 5 hours for a 5 Gigabyte database containing roughly 1500 patients and up to 20 documents per patient.

The client has been installed on the Windows hosts and runs without problems.

de_DE

An diesem Wochenende habe ich es endlich geschafft GNUmed 0.2.7.0 auf unserem Produktionsserver zu installieren. Wir nutzen GNUmed als Dokumentenarchiv zusammen mit Turbomed. Das Update lief absolut problemlos. Es dauerte ca 5 Stunden. Grund war, dass automatisch vor dem updaten ein komprimiertes Backup der Datenbank erzeugt wird. Es wurde eine Datenbank von ca . 5 Gigabyte und mit etwa 1500 Patienten erneuert. Manche Patienten haben bis zu 20 Dokumente zugeordnet bekommen.


Auch die Installation der clients lief auf den Windowsrechnern problemlos.


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GNUmed 0.2.7.0 - for Windows

en_US

The Windows installer for GNUmed 0.2.7 is out. There is an installer for the client and for the server part. Please backup your GNUmed configuration files before installing the new version. This is the gnumed.conf file as well as various gm_ctl_conf. Both of them will be overwritten so be careful. Please do not simply restore the config files as the content has changed. Take a look and merge your changes such as additional server profiles or sources of external patient files in gnumed.conf as well as special start commands in gm_ctl_client.conf. In most cases no changes will be neccessary.

I realize that this part should be handled by the installer in future
versions and I will do so hopefully before the next release.

The server part is up to date as well. Some last minute bugs were fixed in the bootstrap script. Please report any problems to gnumed-devel@gnu.org or the bug tracker at savannah.


de_DE

Die Windows Installationsroutine für den GNUmed client und server sind nun öffentlich. Bitte erstellen Sie vor der Installation ein Backup des GNUmed-Verzeichnisses und insbesondere der Dateien gnumed.conf und gm_ctl_client.conf. Diese werden überschrieben. Grund ist, dass sich der Inhalt massgeblich geändert hat. Bitte schauen Sie ob Änderungen in den Dateien vorgenommen wurden (neue Profile, externe Quellen zu Patientendateien) und übertragen Sie diese in die neuen Dateien.

Dieser Teil sollte in der Zukunft vom Installationsprogramm erledigt werden und wird mit stabiler werdendem GNUmed nicht mehr notwendig sein.


Der Serverteil hat noch einige Änderungen in letzter Minute erfahren. Falls es Probleme mit dem Update von v6 auf v7 gibt bitte E-Mail an gnumed-devel@gnu.org oder die Fehlerdatenbank.


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Saturday, September 29, 2007

GNUmed on the Mac - again


en_CA
Jim Busser has managed to make GNUmed run in Mac OSX Tiger again. He managed to pull up a few relevant threads off the net that helps on letting MacOS find the correct python. After that it's pretty much a piece of cake. Information on how to get it working has been added to our Wiki

http://wiki.gnumed.de/bin/view/Gnumed/IssuesMac

The result looks pretty good.

de_DE
Jim Busser hat GNUmed unter Mac OSX - Tiger zum Laufen gebracht. Eigentlich weniger ein GNUmed-Problem sondern eine Anpassungfrage von Mac OSX.

Das Resultat sieht ziemlich gut aus.

Sunday, September 23, 2007

GNUmed 0.2.7.0

en_US

A new GNUmed version is out. The version name is up to 0.2.7.0 which implies a whole new set of features. Here is a short list:
  • KOrganizer support
    • display today's appointments in GNUmed
    • start KOrganizer on demand

  • improved gm_ctl_client support
    • start GNUmed instance on demand

  • client startup
    • make database welcome message optional
    • user accessible slave mode switching

  • external patient loader
    • check AU PracSoft section for file existance

  • improved exception handling
    • custom detection of missing modules

  • OOo-based templated letter writing
Feedback from our users has proven invaluable. Tests have been performed mostly on GNU/Linux systems but we are actively looking into providing the same feature set on MS Windows. From a users point of view a lot of things have yet again improved. The remote control mode has been consolidated.

The most visible feature might be the use of OpenOffice.org for medical letter writing and storage.

de_DE
Wir haben GNUmed 0.2.7.0 freigegeben. Diese Version bringt eine ganz Reihe neuer Funktion mit, die nach intensiven Gesprächen mit unseren Anwendern eingebaut wurden. Die aktuelle Version wurde überwiegend auf GNU/Linux getestet aber wir schauen auch aktiv, dass unter MS Windows der gleiche Funktionsumfang bereitgestellt werden kann.
  • KOrganizer Unterstützung
    • zeigt alle Termin des aktuellen Tages in GNUmed
    • startet KOrganizer nach Bedarf
  • Verbesserte gm_ctl_client Unterstützung
    • startet eine GNUmed-Instanz nach Bedarf

  • Programmstart
    • macht die Willkommensnachricht der Datenbank optional

    • erlaubt den Zugriff auf die Option 'slave mode' für remote control von der Oberfläche aus

  • Anbindung externer Programme
    • check AU PracSoft section for file existance

  • Verbesserte Fehlerbehandlung
    • Erkennt fehlende Module (z.B. Scanneranbindung usw.)

  • OOo-basierte Briefschreibung mit Ausfüllen von Vorlagen
Wir haben auch eine Meldung erhalten, dass GNUmed als Archiv erfolgreich an DocConcept angebunden werden konnte und über die Videokarte Falcon Eye Anbindung an ein Echogerät erfolgte.

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Tuesday, August 28, 2007

GNUmed - user first reports bugs then success

en_US
GNUmed is free as in freedom but many users think it comes at a price. The price tag shows the resources you put in to make it run on your systems.

A long time ago I decided to make the installation process easier. This involved producing an installer for MS Windows. Few users have reported on their experience but it seems GNUmed benefits from its packaged versions. This holds true for Debian , Ubuntu and MS Windows.

Just a few days ago a German doctor reported a problem with GNUmed 0.2.6.3. One E-Mail and a fix later he has been successful in bootstrapping a GNUmed database and running the client against it. Congrats. Way to go. While we don't know about his computer skills he is a doctor by profession and not a fulltime IT-guy.

He asked about the scanner connectivity and framegrabber options and has since reported success.

But what's worth even more is the bug he triggered and reported which makes us release version 0.2.6.4 in a few days which holds a number of fixes.

He even supplied us with valuable information on how to connect the German legacy app 'DocConcept' to GNUmed through our great XML-RPC interface. As of now we have four (4) legacy apps in our Wiki which can interact with GNUmed without a single code change.

Well thanks to our testers. For him updating to future versions will be a piece of cake.

de_DE
Dank eines Kollegen wissen wir nun von einer weiteren erfolgreichen GNUmed Installation. Nach zwei E-Mails und einem Fehlerreport durch den Kollegen konnte auf seinem Windowssystem eine GNUmed-Datenbank erzeugt werden und auch ein Client damit verbinden.

Ich nenne das Erfolg. So schwer kann die Installation nicht sein. Obwohl ich vermute, dass der Kollegen überdurchschnittliche PC-Kenntnisse hat.

Nun nachdem durch ihn ein Fehler entdeckt und gemeldet wurde wird demnächst die Version 0.2.6.4 als Zwischversion vor der 0.2.7 veröffentlicht.

Beigesteuert hat er auch seine Erfahrungen bei der Anbindung von 'DocConcept' an GNUmed. Wir haben jetzt also 4 Praxisprogramme , die über die Schnittstelle mit GNUmed interagieren können.

Und jetzt sind für den Kollegen Updates nur einen Mausklick entfernt denn den vermeintlich schwierigen Teil der Installation hat er ja bereits gemeistert.

Monday, August 20, 2007

GNUmed and OpenClinica

OpenClinca is a enterprise grade clinical study management solution. It runs on the Apache tomcat webserver version 5.5. OpenSuse 10.2 provides all packages once you add JAVA:addon/openSUSE_10.2 to the channel list for smart. Install tomcat5.5. Dependencies will be pulled automatically. In my setting a lot of symlinks were not created so follow the Openclinics install instructions for the basics. Once done make sure you have the following setup (took me hours)

ls -l /srv/www/tomcat55/base/common/lib/
insgesamt 396
lrwxrwxrwx 1 root root 24 16. Aug 16:41 bcel.jar -> /usr/share/java/bcel.jar
lrwxrwxrwx 1 root root 34 16. Aug 16:41 catalina-ant55.jar -> /usr/share/java/catalina-ant55.jar
lrwxrwxrwx 1 root root 45 16. Aug 15:58 jakarta-commons-beanutils.jar -> /usr/share/java/jakarta-commons-beanutils.jar
lrwxrwxrwx 1 root root 40 16. Aug 16:19 jakarta-commons-dbcp.jar -> /usr/share/java/jakarta-commons-dbcp.jar
lrwxrwxrwx 1 root root 44 16. Aug 15:58 jakarta-commons-digester.jar -> /usr/share/java/jakarta-commons-digester.jar
lrwxrwxrwx 1 root root 38 16. Aug 15:58 jakarta-commons-el.jar -> /usr/share/java/jakarta-commons-el.jar
lrwxrwxrwx 1 root root 43 16. Aug 15:58 jakarta-commons-modeler.jar -> /usr/share/java/jakarta-commons-modeler.jar
lrwxrwxrwx 1 root root 45 16. Aug 15:58 jakarta-commons-validator.jar -> /usr/share/java/jakarta-commons-validator.jar
lrwxrwxrwx 1 root root 40 19. Aug 17:47 jakarta-taglibs-core.jar -> /usr/share/java/jakarta-taglibs-core.jar
lrwxrwxrwx 1 root root 44 19. Aug 17:35 jakarta-taglibs-standard.jar -> /usr/share/java/jakarta-taglibs-standard.jar
lrwxrwxrwx 1 root root 37 19. Aug 17:24 jasper55-compiler.jar -> /usr/share/java/jasper55-compiler.jar
lrwxrwxrwx 1 root root 36 19. Aug 17:24 jasper55-runtime.jar -> /usr/share/java/jasper55-runtime.jar
lrwxrwxrwx 1 root root 37 19. Aug 17:44 jasper-compiler -> /usr/share/java/jasper55-compiler.jar
lrwxrwxrwx 1 root root 26 19. Aug 17:52 javacc.jar -> /usr/share/java/javacc.jar
lrwxrwxrwx 1 root root 27 19. Aug 17:55 jdtcore.jar -> /usr/share/java/jdtcore.jar
lrwxrwxrwx 1 root root 41 19. Aug 17:43 jsp-api.jar -> /usr/share/tomcat55/common/lib/jspapi.jar
lrwxrwxrwx 1 root root 26 16. Aug 15:58 jspapi.jar -> /usr/share/java/jspapi.jar
lrwxrwxrwx 1 root root 23 19. Aug 17:40 jsp.jar -> /usr/share/java/jsp.jar
lrwxrwxrwx 1 root root 43 19. Aug 14:58 naming-factory.jar -> /usr/share/java/tomcat55/naming-factory.jar
lrwxrwxrwx 1 root root 45 19. Aug 14:58 naming-resources.jar -> /usr/share/java/tomcat55/naming-resources.jar
-rw-r--r-- 1 tomcat tomcat 402505 3. Mär 00:13 postgresql-8.1-405.jdbc3.jar
lrwxrwxrwx 1 root root 45 16. Aug 15:58 postgresql-8.2-506.jdbc3.jar -> /usr/share/pgsql/postgresql-8.2-506.jdbc3.jar
lrwxrwxrwx 1 root root 26 16. Aug 15:58 regexp.jar -> /usr/share/java/regexp.jar
lrwxrwxrwx 1 root root 32 16. Aug 16:32 servletapi55.jar -> /usr/share/java/servletapi55.jar
lrwxrwxrwx 1 root root 31 16. Aug 15:58 servletapi5.jar -> /usr/share/java/servletapi5.jar
lrwxrwxrwx 1 root root 16 19. Aug 17:43 servlet-api.jar -> servletapi55.jar
lrwxrwxrwx 1 root root 26 16. Aug 15:58 struts.jar -> /usr/share/java/struts.jar


start with 'rctomcat55 start' and watch /var/log/tomcat55/catalina.out for messages.

go to http://localhost:8080 in a webbrowser and test the jsp and servlet examples. If that works fine go to http://localhost:8080/OpenClinica and you will be greeted by the login screen

With respect to GNUmed one can think of a feature to submit patients to studies in OpenClinica or import follow-up visits as encounters in GNUmed.


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GNUmed OpenOffice.org support

en_US
GNUmed 0.2.7 is about to be released and it brings an exciting new feature. Since OpenOffice.org comes with a python api that allows us to control it Karsten expanded the work of a kind person on the mailing list and developed a GNUmed letter writer. Based on OpenOffice templates that are stored in the GNUmed database documents like referral letters are filled with patient data like SOAP, lab results and more.

But there is more. Since a document in OpenOffice can have a background image we are thinking about using it for printing forms such as prescriptions here in Germany.

On document completion a copy of the final document is imported into the GNUmed archive.

One needs to have recent OpenOffice.org along with the pyuno extension installed. For Debian Linux it seems to work out of the box. On Opensuse Linux one needs to add the Openoffice directory to the $PYTHONPATH variable.

MS Windows and MacOSX deliver OpenOffice and pyuno as well so I don't forsee any problems.


de_DE
GNUmed 0.2.7 steht vor der Fertigstellung und bringt einige aufregende Programmfunktionen mit. GNUmed hat eine OpenOffice-Schnittstelle bekommen. Die OpenOffice API für Python erlaubt es OO mittels Python zu steuern. GNUmed nutzt das für die Briefschreibung. Karteieinträge und z.B. Laborwerte können so in Briefe übergeben werden. Erzeugt werden die Briefe aus Vorlagen, die in der GNUmed-Datenbank gespeichert sind und so unabhängig von der OpenOffice Installation zur Verfügung stehen.

OO kann aber auch Hintergrundbilder im Dokument einbinden und so wird GNUmed für den Formulardruck eingesetzt werden. Rezepte kommen da in den Sinn.
Nach Fertigstellung des Dokuments wird eine Kopie ins GNUmed-Archiv importiert.

Bei Debian scheint alles ohne Konfiguration zu funktionieren. Bei Opensuse muss der Pfad zu OpenOffice der Variable $PYTHONPATH hinzugefügt werden. Damit können wir ausdrucken, pdf exportieren und sogar per email verschicken.


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Sunday, July 15, 2007

GNUmed <--> Turbomed Verbindung

Wie bereits berichtet ist GNUmed als Dokumentenarchiv gut zusammen mit Turbomed einsetzbar. Weil das in Worten nicht auszudrücken ist haben wir ein kurzes Video produziert.

http://wiki.gnumed.de/bin/view/Gnumed/GNUmedMovies

Das Video kann hier direkt heruntergeladen werden.

GNUmed 0.2.6.3

de_DE
Die neue Version ist das Resultat eifriger Rückmeldungen eines Anwenders. Mit dessen Hilfe konnten einige sehr selten auftretende Probleme isoliert und behoben werden. Neue Funktionen sind nicht nennenswert dazugekommen.

Die Windowsversion hat in Sachen Stabilität, Installation und Benutzerfreundlichkeit einige Fortschritte gemacht. Die Anzahl der DOS-Fenster wurde auf Null reduziert. Das Programm erkennt jetzt schon bei der Installation die Sprache und passt sich entpsrechend an. Selbst Fehlermeldungen sind deutlich nutzer- und programmiererfreundlicher geworden.

Die Nutzung in Zusammenhang mit externen Praxisprogrammen ist viel besser geworden. Eine enge Integration existiert für Turbomed. Der sogenannte 'slave mode' hat sich im täglichen Einsatz als stabil erwiesen.

en_US
The new version sports few new features but rather quite a few changes under the hood. Software errors are handled much better in a way that they can be easily reported to the developers.

The so called slave mode has proven to be stable on MS Windows and is in use now daily. It is used to connect a legacy app called Turbomed. That way a document archive has been established. Along with a fast image scanner it has proven to be efficient enough for use during patient consultations.

The MS Windows version has seen some love. The DOS Windows have been removed. Looks cleaner. Apart from that the installer is now even smarter and detects the user interface language.

Thursday, July 12, 2007

Another GNUmed installation at doctor's office

en_US
We just completed a realworld GNUmed installation at a German doctor's office. He works with a commecial EMR but was in need of a good document archive solution that would actually interact closely with the commercial system.

GNUmed 0.2.6.3 has been installed along with the interface to legacy systems. When ever the doctor wants to add new paper documents to the electronic archive he simply opens that patient in his commercial emr and lets the commercial app call GNUmed. GNUmed detecs the call and opens the current patient. It then automagically switches to the plugin for document input. Along with the sheetfed duplex image scanner the doctor uses archival only takes a few seconds. That includes the input of metadata such as document type, date of creation and so on.

Viewing is just as easy. Just open the patient in the legacy system and have it call GNUmed. GNUmed will detect the call and open the viewer plugin.

The MD had used another standalone document archive for a few years which now had about 10000 records along with metadata. This data existed as a sql database and has been easily transferred in the GNUmed database.

de_DE
GNUmed ist ab sofort in einer weiteren Praxis im Einsatz. Ein Kollege hat seit Jahren eine alleinstehende Lösung in Betrieb und hat da drin ca. 10000 Papierbefunde digitalisiert abgelegt.

In der Praxis wurde GNUmed zusammen mit der Schnittstelle zu Fremdsystemen installiert. In dem speziellen Fall ist bereits Turbomed im Einsatz und so musste GNUmed daran angebunden werden. Das funktioniert bestens. Wenn in Turbomed ein Patient aufgerufen wird kann GNUmed damit angesprochen werden. In GNUmed wird automatisch der gewünschte Patient geladen und die gewünschte Aktion azsgeführt. So kann automatisch das Plugin zur Neuerfassung von Papierbefunden in den Vordergrund gebracht werden. Ebenso kann von Turbomed aus das Plugin zum Einsehen bereits erfasster Befunde geladen werden.

Alles zusammen dauert durch den Einsatz eines Einzugsscanners nur wenige Sekunden und kann nebenbei , z.B. beim Umziehen des Patienten erfolgen.

Die Daten auis dem alten System wurden ohne Informationsverlust ins GNUmed überführt.

Saturday, June 02, 2007

GNUmed NSIS installer template opened

Hi,



en_US



HILBROS, the developer of the template for the NSIS installer donated the code to the GNUmed community as of today. This is essential as it enables anyone to turn a CVS snapshot into a working MS Windows installer package. The client template has been added to the CVS with the server part to follow soon.



de_DE



HILBROS, die Entwickler der Vorlage für das NSIS Installationspaket haben den Quelltext der GNUmed Gemeinschaft zur Verfügung gestellt.
Das ist ein wichtiger Beitrag, da damit aus einem CVS snapshot Installationspakete für MS Windows erstellt werden können. Die Vorlage für den Client ist bereits im CVS und die für den Server folgt bald.






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Wednesday, May 30, 2007

LinuxTag Berlin 2007

Karsten und ich waren auf dem LinuxTag Berlin und haben GNUmed vorgestellt. Anwesend waren die üblichen Verdächtigen. Der Vortrag wurde von der überschauhbaren Zahl der Besucher gut angenommen.



Unter http://www.gnumed.de/promotion/Vortrag-LTB-2007.pdf kann der Vortrag heruntergeladen werden.





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GNUmed 0.2.6.1

de_DE
Wir kündigen hiermit stolz die Verfügbarkeit von GNUmed in einer neuen Version an. GNUmed ist für den GNU/Linux , MS-Windows - und Mac OS X (PPC, i386) zu haben. Dank an die fleissigen Programmierer von python, wxpython, PostgreSQL.

GNUmed kommt mit einigen Verbesserungen unter der Haube und natürlich neuen Funktionen. Welche das genau sind kann unter http://wiki.gnumed.de/bin/view/Gnumed/GnumedTodo#AnchorDone nachgelesen werden.

en_US
We are proud to announce the availability of GNUmed 0.2.6.1 for GNU/Linux, MS Windows and MacOS X.

The hooks framework has been extended. The bootstrapper transfers users and runs sanity checks for plausibility after upgrade. Encounter handling now allows a user to start a new encounter on demand. Simple data mining has been added. GNUmed now runs on Mac OS X and supports OsiriX DICOM viewer. Patient picture handling has been properly implemented. Debugging has been
improved for better user feedback. The backend features an improved backup script and a new
restore script, and now requires PG 8.1. A bug in the phrasewheel has been fixed.

Details can be found here: http://wiki.gnumed.de/bin/view/Gnumed/GnumedTodo#AnchorDone

Saturday, May 19, 2007

GNUmed crossbootstrapping

en_US

While working on the Mac I thought now that the client works for me what about

the server and postgresql ?



I always tell everyone we are so cross platform. And you bet we are.



I grabbed the postgresql installer from http://www.postgresqlformac.com/ and

installed it. It actually gives you a nice set of graphical client tools to

start/stop the server.



Because I didn't know where the installer put the files and the bootstrapper

for the mac was not yet quite ready I used cross bootstrapping.



Linux came to my rescue. I simply changed the destination IP address for the

Mac in the bootstrap conf files and started bootstrap-latest.sh



It complained that the mac doesn't let me connect so I had to change the

pg_hba.conf in /Library/PostgreSQL8/data/ to accept incoming connections from

my trusty linux.



Automagically a database v6 was created on the Mac and I was actually able to

use that one.



Now beat that. We are now officially cross platform in every sense of the

word. Cross bootstrapping rocks.



If you take that idea one step further this means we can actually *remote

update*. No need for the user to pull the update files. We can simply update

*their* database from *our* computers.



Now that gives remote control a new perspective in terms of support.





de_DE

Nachdem GNUmed als Client auf dem Mac läuft dachte ich mir ich müsste auch den Server und damit postgresql installieren. Nach einiger Suche nach einem einfach zu installierenden Paket bin ich auf http://www.postgresqlformac.com/ gestossen. Die bieten ein einfach zu installierendes Paket an, das gleich einige kleine Programme zu verwalten des Servers mitbringt.



Das die bootstrap Routine auf dem Mac nocht nicht völlig fertig ist habe ich mir überlegt von Linux aus eine Datenbank aufzusetzen. Das war einfacher als gedacht. Ich musste nur die IP des Zielrechners in den bootstrap Konfigurationsdateien ändern.



Allerdings liess der Mac initial keine Verbindung von aussen zu, sodass ich erst in /Library/PostgreSQL8/data/ die pg_hba.conf anpassen musste. Dann ging alles reibungslos.



Auf meinem Linuxnotebook startete ich 'bootstrap-latest.sh' und einige Minuten später war auf dem Mac eine Datenbank v6 installiert, die von GNUmed problemlos verwendet werden konnte.



Das erschliesst neue Möglichkeiten bei der Fernwartung und Updates. Man kann also von zentraler Stelle die Datenbanken der Kunden auf den neuesten Stand bringen.



Wie cool ist das ? Nun kann ich offiziell behaupten GNUmed client/server läuft in beliebigen Kombinationen aus GNU/Linux, MacOSX und MS Windows.





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Friday, May 18, 2007

GNUmed on MacOS X

GNUmed is now available for MacOSX. Go to http://wiki.gnumed.de/bin/view/Gnumed/InstallerGuideMac to view the details.

GNUmed läuft nun auch auf dem Mac. Details sind unter http://wiki.gnumed.de/bin/view/Gnumed/InstallerGuideMac beschrieben.

Tuesday, May 15, 2007

GNUmed Installation video

de_De
Einer unserer Entwickler hat einige Videos zur GNUmed-Installation bereitgestellt:

client installation (10 minutes)

server installation (27 minutes)


en_GB
One of our developers has put together a set of screencasts on how to install GNUmed:

client installation (10 minutes)

server installation (27 minutes)

Enjoy,
Karsten

Tuesday, May 01, 2007

GNUmed on YouTube

Ein Bild sagt mehr als tausend Worte. Wieviel sagt dann erst ein Video ?

Anfragen vieler Interessenten zum Thema GNUmed Installation habe ich zum Anlass genommen ein Video zur GNUmed Installation anzufertigen. Voraussetzung sind in dem Fall ein Internetzugang und ca 10 Minuten Zeit.

Das Video ist in deutscher Sprache und zeigt die komplette GNUmed Installation mit allen Zusatzpaketen. Als Test erfolgt dann die Verbindung mit dem via Internet erreichbaren GNUmed server.

Zu sehen ist das Video via YouTube :



The quality sucks bad so I have put up a much better backup version here

In einem der nächsten Videos soll es um die Serverinstallation gehen. Darin soll dann gezeigt werden wie man unter MS Windows PostgreSQL für Windows installiert.

GNUmed aus dem CVS unter MS Windows

Unter GNU/Linux war es ja schon lange üblich, dass man GNUmed direkt aus dem CVS ohne Installation starten konnte. Das hat jetzt auch unter MS Windows Einzug gehalten.

Entwickler oder Anwender, die nicht auf die jeweils folgende stabile Version warten wollen.

Im CVS gibt es im Unterverzeichnis 'client' die Datei 'gm-from-cvs.bat'. Diese sorgt dafür, dass Umgebungvariablen richtig gesetzt werden und GNUmed direkt gestartet wird.

GNUmed deutsch

Eigentlich ging es ja schon immer aber automatisch funktionierte es bisher nur unter GNU/Linux. Die GNUmed Oberfläche in deutscher Sprache unter MS Windows.

Prinzipiell kann man mittels '--lang-gettext=$LANG' eine Sprache einstellen. So z.B. die deutsche Oberfläche mit '--lang-gettext=de'.

Damit das auch ohne Benutzerinteraktion funktioniert habe ich das Installationsprogramm von GNUmed entsprechend verbessert.

Die Installationsroutine erkennt nun anhand der Sprache unter MS Windows welche Sprache die Oberfläche haben soll.

Dazu wurde unter anderem die Erzeugung der Sprachdateien (gnumed.mo) verbessert.

Diese Neuerungen werden automatisch in der Version 0.2.6 erscheinen. Als Zwischenupdate habe ich die Version 0.2.5.95 heraufgeladen

Als weiterer Punkt wurde die Bennung der Konfigurationsdatein geändert (gm-0_2.conf --&gt; gnumed.conf)

Saturday, April 07, 2007

GNUmed jabber client in the works

-en_US
We are working on data exchange with different software vendors and try to avoid costly and questionably secure solutions. In short we are looking into using trusted and proven open source solutions such as SSL, XMPP (jabber) , GPG and more to make data exchange happen. Since we are implementing open standards and generic interfaces (GNUmed framework) this solution should be easy to implement by open and closed source vendors.

This solution must pass and even surpass security evaluations by Germany's TÜV since there is another vendor who supposedly has passed the test. By the way the exact specification is only available under a non disclosure agreement. From what we have seen it does not ask for a password or passphrase and there certainly is no way of knowing who you send the data to. Traffic seems to run over the company's server and little is known if the information is stored on the server or not.

We can do better. We use ejabberd. This is an open source jabber (xmpp) server. Communication happens exclusively over SSL. We have to decide if we will allow storage and forwarding messages for offline users. Traffic can be encrypted by OpenPGP but this has not yet been implemented. Code has been checked into the GNUmed repository.

Karsten is working on the export framework. Ideally the transporting code is content agnostic. We will most likely implement export of xDT format (German exchange format), raw sql. Maybe someone with HL7 experience chips in. We will be able to transport anything from lab data to patient information and patient documents.

GNUmed will store this information in the inbox. We will then implement a handler part that knows how to import the different data formats into GNUmed or another EMR.

One issue related to datae exchange in general is the question of how to tell the true identity of the receiver. We will be able to solve this by using GPG and encrypting the messages. Authentification will most likely happen against a trusted third party in cases when you don't know the receiver personally (key signing).

-de_DE
Dank Open Source war es schneller als gedacht möglich, eine Testumgebung für den Datenaustausch zwischen verschiedenen Praxisprogrammen aufzubauen. Anders als bei dem mir bekannten TÜV geprüften aber sonst weitgehend unbekannten Datenaustauch setzen wir ausschließlich auf offene, bekannte Standards. Wir setzen Jabber (XMPP) auch bekannt als Google Talk ein. Der Server ist ejabberd. Die Kommunikation erfolgt ausschließlich SSL verschlüsselt und kann so zwar mitgelesen aber nicht entschlüsselt werden.

Ein konzeptionelles Problem besteht darin, dass man nicht sicher sein kann, dass der Empfänger auch der gewünschte Empfänger ist. Das liegt daran, dass er sich als Arzt ausgeben kann. Anders als unsere Kollegen, die das Problem durch Restriktion auf eigene Server und weitgehend unbekannte Übertragungsmechanismen zu lösen versuchen streben wir die End zu End Verschlüsselung an.

Dabei unterscheiden wir zwischen persönlich bekannten Empfängern. Mit diesen findet ein Schlüsselaustauch statt. Dann wird GPG verschlüsselt. Bei persönlich unbekannten Partner muss ein gewisses Vertrauen in vertrauenswürdie Dritte genutzt werden. Die Bundesärztekammer betreibt einen Adressserver. Es muss sich zeigen ob dieser Datenstand als vertrauenswürdig angesehen werden kann.

Weiter wird geschaut ob sich innerhalb eines Jabberservers Benutztgruppen untereinander als vertrauenswürdig ansehen. Das könnten z.B. alle facharzt.de Mitglieder oder Apobank-Kunden sein.

Diese Lösung ist unabhängig von den zu übertragenden Daten. Initial werden das sicher xDT-Dateien (Labor) oder auch Patientendatensätze sein. Ob es sinnvoll ist Bilder oder Videos damit zu übertragen wird sich zeigen.

GNUmed erhält die Daten in der Inbox und muss lernen die speziellen Datenformate zu erkennen und sinnvoll in die Datenbank zu schreiben.

Sunday, April 01, 2007

PostgreSQL Live CD

Just found that site about PostgreSQL on a live CD

http://blogs.ittoolbox.com/unix/bsd/archives/postgresql-livecd-14866

Wouldn't it be nice to just add gnumed-client to it and have a fully working GNUmed installation available on a live CD.I suppose it is even possible to use a USB drive instead of a CD.

What seems to make it easier for us is the fact that pgadmin3 is included. That means wxpython is on that CD by default. And since it is based on Xubuntu it should be as easy as 'apt-get install gnumed-client'

Saturday, March 31, 2007

Linuxforclinics.org

I just found out about a team (www.linuxforclinics.org) that develops a software program for laboratory work. There goals are defined here They have an active community with a nicely populated forum. Late did I find out that they have a GNUmed forum as well. Despite the fact that there is lots of information available in our wiki.gnumed.de they had trouble installing the server part of GNUmed. Once we provided some more infomation they were able to successfully bootstrap.

Hope they can use parts of GNUmed for their needs.

GNUmed 1.2.5

en_US
A new release of the GNUmed practice management solution has been packaged and uploaded. It features :

Version 0.2.5
Description strong> span> th> Status strong>
GNotary support on backup
beta
improved phrasewheel
beta
document archive: handle original filename
beta
visual indication of patient birthday
beta
initial KVK handling
beta
connection pooling
beta
generalized hooks framework
beta
allergies handling
beta

for detailed info see wiki.gnumed.de (Roadmap)

Sunday, March 11, 2007

GNUmed - Foren

de_DE
Dank Dr. Geigenberger, der die Foren bei vondoczudoc.de anbietet, gibt es jetzt ein deutsches und internationales Forum für Fragen und Antworten zu GNUmed.

Es wurde eine Subdomain eingerichtet damit das Forum noch leichter erreichbar ist.

en_US
Thanks to Dr. Geigenberger who hosts the highly successful forums at vondoczudoc.de we are are now able to provide a place to post your questions and answers.

A subdomain forum.gnumed.de has been connected to make it even easier to reach.

Sunday, March 04, 2007

Linux-Tage Chemnitz

Das GNUmed Team hat den Stand gefunden und entsprechend besetzt. Dazu mussten ersteinmal Standbesetzer vertrieben werden. Das Publikum war ausgewogen und interessiert. GNUmed zieht an. Interessant scheint es nicht nur für Ärzte sondern auch für Hebammen, Physiotherapeuten und Medizinstudenten zu sein. Die Fragen drehten sich um die Gesundheitskarte, Terminplanung, Dokumentation u.v.m.

In diesem Zusammenhang haben wir festgestellt, dass GNUmed eine Schnittstelle zu dem Terminplanungsprogramm 'Terminiko' hat. Wir können also Patienten an 'Terminiko' übergeben aber auch aus Terminiko übernehmen.

Ansonsten war ich am Ubuntu-Stand und habe feststellen müssen, dass Ubuntu als Live-CD für uns nicht erste Wahl ist. Fedora hat wohl Bestrebungen an einem gemeinsamen Linux-Paketformat mitzuarbeiten aber viel Neues gibt es aus dieser Ecke nicht.

Karsten hält in diesem Moment seinen Vortrag über GNUmed . Mal schauen wie die Reaktionen so sind.

Monday, February 19, 2007

GNUmed speedup

en_GB

A small announcement with big impact. Karsten added database connection pooling to GNUmed. Not knowing what to expect I tried our online database again at salaam.homeunix.com. Connection is fast. Almost like a lokal database. While there have been noticeable delay when connecting to the online database they are now gone. Nice work.

de_DE

Eine kleine Ankündigung mit großer Wirkung. Karsten hat GNUmed ein Datenbank connection pooling spendiert. Ich habe es gleich ausprobiert und festgestellt, dass GNUmed deutlich schneller geworden ist. Das zeigt sich besonders stark beim Zugriff auf unsere Online-Datenbank sowie bei Patientenwechsel.
Gute Arbeit.

Thursday, February 15, 2007

GNUmed goes Alluro

en_EN

GNUmed goes Alluro. Well not quite. Alluro goes GNUmed. That's right. HILBROS ( www.hilbros.de ) is a business I started that aims at making GNUmed available to collegues in Germany. While Open Source is nice it is no selling bonus. So until that happens GNUmed will have to compete with other vendors in a traditional setting. To protect GNUmed from business issues I will provide it to customers under the name Alluro. Alluro is a name for the platform that will serve as a foundation for a product line.

First products available will be AlluroMed and AlluroPhysio. The Alluro product line is available with full support, updates, documentation and training. GNUmed compatibility is one of the goals but Alluro will adhere to official regulations that might not mix well with FOSS.

de_DE

GNUmed wird Alluro. Naja nicht ganz. Alluro wird GNUmed. So stimmt es. HILBROS ( www.hilbros.de ) ist eine Firma, die gegründet wurde, um GNUmed deutschen Kollegen zugänglich zu machen. Obgleich offene Software Vorteile hat, ein Verkaufsargument ist das nicht. Und solange das so ist muss GNUmed im traditionellen Umfeld mit den Mitbewerbern interagieren. Um GNUmed aus der Geschäftswelt herauszuhalten wird HILBROS Alluro anbieten. Alluro ist der Name für eine Plattform, die als Basis für eine Produktlinie dienen soll.

Die ersten verfügbaren Produkte sind AlluroMed and AlluroPhysio. Die Alluroproduktlinie ist komplett mit Support, Updates, Dokumentation und Training verfügbar. Kompatibilität zu GNUmed ist weiter ein Ziel aber Alluro wird sich an Gesetzlichkeiten halten müssen, die mit quelloffener Software nur schlecht vereinbar sind.

Wednesday, February 14, 2007

GNUmed webbased client

en_GB

Thanks to some source code I have been sent by Syan I have been able to test
what we have always proclaimed. It is possible to use our business objects
such as gmLog, gmPG2 and so on from a web interface.

Although I cannot comment on how well it works or if it is an ugly hack or not
I can tell it is possible to use a webinterface and a number of rich clients
at the same time.

Since a web client is yet another client to design and maintain I wonder if it
makes any sense to borrow html from other webbased open source emr
applications.

Can anyone comment on where webframeworks such as django or turbogears touch
this subject ?

Setting up the whole thing has been amazingly easy after guessing my way
around.

Just copy the html and gnumed.py into a webspace such
as /srv/www/htdocs/webgnumed

install and activate mod_python

edit httpd.conf to make use of mod_python for the webgnumed directory

symlink gnumed/gnumed/client to webgnumed/handler/GNUmed

run the login.html and be surprised. Nice work Syan.

A use case recently brought up by a collegue is no longer out of scope for GNUmed now. Chronic pain patient rings you up for a refill prescription but you are not at the office. Just use your mobile to bring up GNUmed's webinterface and fill a prescription form. Patient will then go to the office staff and pick it up.

de_DE

Was wir lange vermutet und geplant haben ist nun erstmal in einer Konzeptstudie einer Prüfung unterzogen worden.

GNUmed kann gleichzeit von mehreren Klienten genutzt werden. Altbekannt ist die simultane Nutzung von mehreren Benutzern und mehreren Betriebssystemen.

Neu ist die Weboberfläche von GNUmed. Ja. GNUmed kann nun auch aus dem Webbrowser genutzt werden. Möglich gemacht hat das Syan. Nach einem Umstieg von Apache tomcat auf mod_python kann unserer middleware ziemlich direkt von der Weboberfläche angesprochen werden.

Natürlich muss diese Oberfläche erst entstehen und das auch nur wenn entsprechender Bedarf besteht. Besonders attraktiv ist der Einsatz auf Mobilgeräten. Smartphones, Tablet-PCs und Co sind nur selten mit einer Tastatur versehen und eher auf das Abrufen von Daten als die Dateneingabe spezialisiert.

Ein Nutzungbeispiel, dass ein Kollege kürzlich in einem Forum anführte kann damit problemlos abgehandelt werden. Der Schmerzpatient, der mich telefonisch erreicht bekommt von mir via Webbrowser auf dem Mobiltelefon ein Rezept gedruckt und kann sich das dann in der Praxis abholen.

Die Installation ressourcenhungriger Applikationen wie RDP-clients, VNC oder gar einem GNUmed-client auf dem Mobilgerät ist damit nicht länger notwendig.

Sunday, February 04, 2007

GNUmed MacOSX


en_GB
Due to fixing some wxMac related issues some people report being able to run the GNUmed client on MacOS X. We have received a screenshot showing GNUmed in a MacOS X decoration.

Version 0.2.4.3 or 0.2.5 will officially support GNUmed on MacOSX so stay tuned.

de_DE
Die Probleme von wxMac konnten umschifft werden und so wurde uns nun gemeldet, dass GNUmed auf dem Mac läuft. Ein Bildschirmphoto wurde uns zur Ansicht mitgeschickt.

Die Version 0.2.4.3 oder die Version 0.2.5 werden MacOSX offiziell unterstützen.


Thursday, January 18, 2007

GNUmed - AVISION AV220C2

en_GB

I got my hands on a new AVISION AV220C2 which is a duplex sheetfed scanner. It's fast and is perfectly supported under MS Windows, GNU/Linux and MacOSX. It supports 9 user configurable scan profiles (image resolution, color, file format, target application) via its scan button.

This actually was motivation to fix the gmScanBackend on Windows which now supports any TWAIN device. I have tested it with a cheap webcam and the new scanner. Nice stuff.

Price tag is around 700 Euro which is not cheap but if you really want go get rid of those old paper documents it's worth your money I guess.

We hope to do some interesting things for GNUmed with it. Watch out for release 0.2.4 for initial support and hopefully 0.2.5 for more advanced stuff.

I would like you to test gmScanBackend with any TWAIN devices you have flying around. Easiest way is to grab version 0.2.4 of the client once it is released, connect to the internet database salaam.homeunix.com, open patient kirk, switch to document import and press the scan button.

Wednesday, January 17, 2007

GNUmed <--> Turbomed Schnittstelle

de_DE

Ein Meilenstein in der Geschichte von GNUmed. Die viel gepriesene Möglichkeit GNUmed fernzusteuern ist endlich getestet und in eine nützliche Anwendung überführt. Wir haben ja lange vor Turbomed-Windows Befunde digitalisiert und im GNUmed Archiv abgelegt. Jetzt wurde dieses alte Archiv in das neue GNUmed-Archiv überführt und eine Verbindung zu Turbomed Windows geschaffen.

Wie Turbomed und GNUmed genau zu konfigurieren sind, ist hier genau und reich bebildert beschrieben.

Das GNUmed-Archiv ist damit endlich leicht direkt aus Turbomed Windows heraus nutzbar.

Warum haben wir uns gezielt gegen die Turbomed Bildverarbeitung entschieden ? Nun, wie man sieht, haben wir von DOS zu Windows gewechselt und keine Befunde verloren weil diese in einem separaten aber sehr eng angebunden Programm verwaltet werden. Auch die Patientendaten werden dort verwaltet, ohne dass diese wie bei anderen Programmen separat erfasst werden müssten.

Im Falle eines Wechsels von Turbomed zu einem anderen Hersteller können wir alle digitalen Befunde und Bilder mitnehmen. Die Lösung bringt Unabhängigkeit.

Ein weiterer Punkt ist die Art des Zugriffs. Bei Turbomed muss man neben dem Datenbankzugriff für die Patientendaten Zugriff auf ein Serverlaufwerk haben auf dem die Dateien liegen. Versuchen Sie das mal beim Hausbesuch. Bei GNUmed stecken alle Bilder in der Datenbank. Deshalb reicht es wenn Sie Datenbankzugriff haben. Unabhängig vom Datensicherheitshintergrund können Sie mit dem GNUmed-Archiv folgendes schon heute bewerkstelligen wenn Sie im Urlaub krank werden und dringend Zugriff auf einen alten Arztbrief,ein Röntgenbild oder eine Kopie Ihrer Approbation brauchen.

- ins Internetcafe gehen
- USB-Stift mit nem GNUmed-client anstöpseln und GNUmed starten
- in die Praxisdatenbank einloggen
- Befund raussuchen und lokal ausdrucken

Dank hinreichend guter GDT-Schnittstelle seitens Turbomed ist die Anbindung von Fremdprogrammen kein Problem.

GNUmed in the South African context

There is a blog I came across one day that dealt with the issue of using Ubuntu/Linux in the medical environment of South Africa.

They basically took a look at what is there in terms of software and technology and stumbled over our beloved GNUmed. No hard use case has been defined but it looks like GNUmed is in a state where is actually is able to meet some of their requirements.

Promising.

Monday, January 15, 2007

GNUmed 'to go'


en_GB

I came across portableapps.com and knew this would be useful some day. Those MS Windows machines at work never have the right apps installed. Firefox is alway missing as well as OpenOffice. So running those from USB is the way out.

But there is more. Why not run our beloved GNUmed off an USB drive on any Windows box you come across. I hear you saying. What about those dependencies like python and wxpython ? Worry no more. I took care of that.

We now have GNUmed running directly off an USB drive, iPod or whatever.

de_DE

In der Vergangenheit hab ich ab und an über Anwenungen gelesen, die man direkt von einem USB Stift starten kann. Eine Solche Seite ist portableapps.com . Den Rechnern auf Arbeit fehlen immer die wichtigen Programme wie OpenOffice oder Firefox. Wenn man die also von einem USB Stick starten kann, ist das der Weg.

Aber es gibt noch mehr. Warum sollen wir uns auf die mitgelieferten Anwendungen beschränken ? GNUmed von USB muss Herr. Ich höre schon die Zweifel. Aber keine Sorge. Ich habe mich der Sache angenommen.

Wir können nun GNUmed direkt von USB oder iPod laufen lassen. Es ist direkt bei portable apps integriert.

Jetzt fehlt nur noch eine mobile PostgreSQL Installation ...


Saturday, January 13, 2007

GNUmed screenshots (2)

GNUmed 2006

en_US

Year Karma Commits Added Removed Change
2001 17,290 59 6,351 1,175 5,176
2002 426,840 1,056 226,998 85,853 141,145
2003 711,426 1,878 422,065 276,150 145,915
2004 526,093 1,650 359,007 421,173 -62,166
2005 342,679 1,441 120,128 88,029 32,099
2006 282,012 1,373 97,623 69,735 27,888
2007 6,869 56 1,616 525 1,091
Totals 2,313,209 7,513 1,233,788 942,640 291,148

http://cvsmonitor.gnumed.de/cvsmonitor.pl

In 2006 we have seen two releases ( up one release from 2005). People start using it. We have attracted new people who have contributed and have been valuable in defining future goals.

A good year for GNUmed. 2007 doesn't look to bad so far.

de_DE

Year Karma Commits Added Removed Change
2001 17,290 59 6,351 1,175 5,176
2002 426,840 1,056 226,998 85,853 141,145
2003 711,426 1,878 422,065 276,150 145,915
2004 526,093 1,650 359,007 421,173 -62,166
2005 342,679 1,441 120,128 88,029 32,099
2006 282,012 1,373 97,623 69,735 27,888
2007 6,869 56 1,616 525 1,091

Totals 2,313,209 7,513 1,233,788 942,640 291,148

http://cvsmonitor.gnumed.de/cvsmonitor.pl

2006 sind zwei Versionen erschienen ( 2005 nur eine ). Einige Leute benutzen GNUmed. Wir konnten neue Interessenten anziehen, die zu GNUmed beigetragen haben und hilfreich bei der Definition der Ziele für 2007 waren.

Ein gutes Jahr für GNUmed. 2007 sieht auch nicht schlecht aus.