Linux im Gesundheitswesen bei RadioTux

Als ich so darüber nachdenke wie sich GNUmed so entwickelt hat fällt mir ein, dass RadioTux vor Jahren mal ein Interview mit Karsten zu dem Thema gemacht hat. Die Kollegen von RadioTux gibt es noch heute und die haben sogar ein Archiv zu alten Sendungen.

Es stellt sich heraus, dass die Sendung 38 aus dem Jahr 2003 das Interview enthält (etwa ab Minute 6:49). Hört es euch an (ogg | mp3) wenn ihr wissen wollt was wir 2003 zu sagen hatten und was sich davon bis heute erhalten hat.

Im Archiv fand ich dann gleich noch zwei aktuelle (2007) Beiträge zu APW-Linux mit Claudia Neumann (mp3) und zu Linux im Gesundheitswesen von Karl-Heinz Heggen (ogg | mp3).

Wer Spass an den Sendungen hatte und RadioTux unterstützen möchte, der möge sich bitte die Supportseite ansehen.

GNUmed 0.2.8.0 meets Osirix on Mac OSX

en_US

Finally. Since packaging 0.2.7.1 I started to find my way around a Mac. GNUmed 0.2.8.0 has been released a few days ago and I still could only provide the previous version. Those days are over. We fixed a bug that kept us from producing a correspondig database natively on Mac OS. We are up to version 8 now.

Right after producing a current database logging in and using GNUmed was a piece of cake. Furthermore GNUmed now interacts with Osirix. Choose 'Dicom viewer' from GNUmed's main menu and you will be taken to Osirix.

Version 3.0 of Osirix comes with an XML-RPC gateway. This could lead to even tighter interaction. One could imagine a setup at a cardiologists office where Cath and Echo procedures are stored in a Dicom PACS. GNUmed could then jump to the current patient/study inside Osirix and display it.

Furthermore GNUmed has a XML-RPC interface as well. So Osirix could theoretically send information on newly imported studies/patients from Echo or Cath procedures to GNUmed's document archive. IT could even add a line in the EMR and open a plugin to document findings (progress note or echo results)

Unfortunately Osirix 3.0 requires Mac OS 10.5 which won't be available to many including us.



de_DE

Endlich gibt es nun auch ein Paket von der Version 0.2.8.0. Nachdem ich für die Vorgängerversion gelernt habe wie man Pakete baut, war es nun deutlich leichter. Es gab noch einen Fehler in der Version 0.2.8.0, der auf MAcs verhindert hat, dass sich eine aktuelle Version 8 der Datenbank erstellen liess. Dies ist aber behoben und daraufhin liess sich GNUmed auch gleich problemlos nutzen.

Zusätzlich ist mir aufgefallen, dass bei installiertem Dicom-Betrachter Osirix dieser problemlos über das GNUmed Hauptmenü gestartet werden kann.

Wie ich hörte bringt Osirix 3.0 eine XML-RPC-Schnittstelle mit. Das ist insofern interessant als das es darüber möglich wird Osirix von GNUmed fernzusteuern. So können z.B. in einer kardiologischen Praxis alle Echos und Katheter digital im PACS archiviert werden und via Osirix angesprochen werden. In der GNUmed-Karteikarte und im Archiv finden sich dann jeweils Verweise darauf und die Studie kann direkt in Osirix angezeigt werden.

Anders herum kann Osirix so erweitert werden, dass beim Einlesen von Fremd-CDs Patieten in GNUmed aufgerufen (ggf. neu angelegt) werden können und so gleich eine Konsultation in die Karteikarte kommt.

Leider ist das erst an Version 3.0 von Osirix möglich und dafür braucht man Mac OS 10.5, was viele von uns nicht haben werden.

Das neue Paket ist zu finden unter http://www.gnumed.de/downloads/client/0.2/GNUmed-client.0.2.8.0.dmg

Danke auch an die Entwickler der Kalendersoftware Chandler , die mir gezeigt haben wie man ein Python so packt, dass es für GNUmed unabhängig vom System zur Verfügung steht.

GNUmed - on Mac OS X for real

en_US

A number of times I have announced that GNUmed runs on Mac OSX. Well it has run for a year or so but unlike GNU/Linux there is no central repository to host software. Mac OSX has two established means to distribute software. First one is to create so called application bundles (*.app) which come packaged into disk images (*.dmg). These application bundles usually contain every software dependency needed to run a software. Same for GNUmed.

The GNUmed client for Mac OSX comes with batteries included. No need to install a recent version of MacPython, WxPython, Psycopg2 and so on. Just click and run. It is roughly a 50MB download.

For developers I really recommend getting eclipse to get the sourcecode via CVS. Furthermore it is recommended to grab the dependency packages from MacPython. Python 2.4 is fine.

Most likely I will provide a second package that truly installs itself in the filesystem just as python & friends do.

I even managed to bootstrap a local database version 7 on a native Mac OS PostgreSQL. You can simply run the script "bootstrap-latest.sh" in a Terminal and you are good. For all users not wanting this they can simply choose the "public database" profile and connect to our Internet database.

The Mac package can be gotten from http://www.gnumed.de/downloads/client/0.2/GNUmed-client.0.2.7.1.dmg.zip




de_DE

Ich habe schon einige Male angekündigt, dass GNUmed unter Mac OSX läuft. Das stimmt auch seit über einem Jahr. Allerdings ist das so eine Sache mit den Paketen auf dem Mac. Anders als bei GNU/Linux gibt es keine zentrale Quelle in die man GNUmed hineintun könnte.

Beim Mac wird Software auf zwei verschiene Arten weitergegeben. Einmal gibt es da die sogenannten Applikationsbündel, die alles mitbringen was nötig ist damit eine Software läuft. Und zum Anderen kann sich Software richtig installieren.

Für die zweite Methode braucht es spezielle Pakete für Python. WxPython usw. Das macht kaum ein Anwender. Entwicklern hingegen empfehle ich sich GNUmed aus dem CVS über Eclipse zu besorgen, sich einen MidnightCommander zu installieren und direkt darüber zu arbeiten.

Für Endanwender gibt es jetzt endlich ein Version, die nur aus Klick und Run besteht. Alle Voraussetzungen werden erfüllt.

Sogar eine lokale PostgreSQL Datenbank liess sich problemlos nativ auf MacOS X erzeugen. Einfach nur das script "bootstrap-latest.sh" ausführen und ab geht die Post. Alle die das nicht wollen können einfach das Profil "salaam.homeunix.com" auswählen und stattdessen unsere öffentlich Internetdatenbank verwenden.

http://www.gnumed.de/downloads/client/0.2/GNUmed-client.0.2.7.1.dmg.zip

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GNUmed - Google Analytics

en_US

The other day I wondered how to get information on who is checking out GNUmed. Over the past few years I have observed that subscribing to the GNUmed mailing list is not at the top of the list. When we started our Wiki we had some people registering even if that wasn't neccessary. When ever a release was due traffic spiked but we still had no idea who was looking for GNUmed. That changed when I came across Google analytics. I started using that service a few days ago for wiki.gnumed.de, blog.gnumed.de and planet.gnumed.de.

I have learned some interesting facts. The Wiki is actively used and a visitor stays about 4 minutes. Most people are looking for Windows installation binaries. Top language is Englisch followed by German. In the last few day there have been visitors from 41 countries and 99 cities. Most people came directly via gnumed.org, via Google or via freshmeat.net.

Due to that fact I have translated the Windows installer Wiki page into German. Furthermore I now know that I need to beef up my pages at hilbros.de, gnumed-systemhaus.de as well a provide more localized content.

Request are coming in from few pages that don't reach out beyond the traditional software enthusiast crowd. Some marketing is required here (can you say linuxtoday.com, Circulation :-) ) to get the word out. I might just design a few 'I support GNUmed buttons' for websites.

Let's see what info can be derived in a month or so.

de_DE

In den vergangenen Tagen habe ich mich gefragt wie ich herausbekomme wer sich für GNUmed interessiert. Wir haben festgestellt, dass Interessenten nur sehr ungern eine E-Mailliste abonnieren. Als wir dann unser Wiki System online hatten wurde uns klar, dass es doch einige Interessenten gibt. Als ich dann über Google Analytics stolperte begann ich diesen Service zu nutzen. Ich registrierte wiki.gnumed.de, blog.gnumed.de und planet.gnumed.de so, dass ich eine Überblick über die Besucher bekomme.

Obwohl erst Daten von wenigen Tagen vorliegen zeigen sich doch interessante Dinge. Ein Besucher bliebt ca. 4 Minuten auf den Seiten und ruft durchschnittlich 3 Seiten ab. Am häufigsten wird GNUmed als Installationspaket für Windows gesucht. In erster Linie sprechen die Besucher aus 41 Ländern und 99 Städten English, gefolgt von Deutsch.

Das hat mich dazu veranlasst mehr deutsche Inhalte anzubieten. Die Installationsanleitung wurde jetzt auch in deutscher Sprache hinterlegt.

Zuweisende Webseiten sind gnumed.org, Google und freshmeat. Es zeigt sich, dass die Reichweite kaum über Softwareenthusiasten hinausgeht. Hier müssen über facharzt.de usw. noch mehr Leute erreicht werden. Sinnvoll erscheint mir auch eine Kampagne mit 'Ich unterstützte GNUmed' Knöpfen für die eigene Homepage.

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GNUmed on Nokia N810

The guys from Nokia/Maemo have accepted my proposal to make GNUmed run on their N810. Since it is a Debian(ARM)/GTK based device it should be possible to make GNUmed run on it. On Debian we depend on python and wxpython (GTK).


For now GNUmed 0.2.7.1 there is a dependecy which keeps it from building on ARM but that can hopefully be fixed for the current 0.2.8.0 release.

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GNUmed 0.2.8.0 for OpenSUSE

en_US

GNUmed packages are now available for OpenSUSE 10.2, 10.3 and Factory. Grab them while they are still hot at

http://download.opensuse.org/repositories/home:/SebastianHilbert/

de_DE

Die neue GNUmed-Version 0.2.8.0 steht nun in Form von Paketen für OpenSUSE 10.2, 10.3 und Factory zur Verfügung

http://download.opensuse.org/repositories/home:/SebastianHilbert/

GNUmed 0.2.8.0

Karsten reports:

en_US
I have tagged and released version 0.2.8.0. Get it from

http://www.gnumed.de/downloads/

You'll need to upgrade your database to version v8. Upgrade
scripts are provided with the server package.

The feature list is here:

http://wiki.gnumed.de/bin/view/Gnumed/RoadMap#ReleaseCurrent

de_DE
Karsten hat für GNUmed die Version 0.2.8.0 markiert und veröffentlicht.

http://www.gnumed.de/downloads/

Die Datenbank muss auf Version v8 aktualisiert werden. Updateprogramme sind im Serverpaket enthalten.

Die Liste der Neuerungen ist hier:
http://wiki.gnumed.de/bin/view/Gnumed/RoadMap#ReleaseCurrent

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GNUmed auf den Linuxtagen Chemnitz

Am 01.03.2008 und am 02.03.2008 finden wieder die Linuxtage in Chemnitz statt. Wir haben uns entschlossen in guter Tradition daran teilzunehmen. Die PostgreSQL-Leute haben angeboten einen Stand direkt neben dem PostgreSQL-Sand zu organisieren. Das wäre eine feine Sache. Bekanntermassen setzt GNUmed PostgreSQL erfolgreich ein.

In den nächsten Tagen (im Dezember) wird die Version 0.2.8.0 erscheinen. GNUmed erhält damit unter Anderem die Funtionalität, dass eine Person unter mehreren Namen und mehreren Adressen bekannt sein kann. Das ist eine Funktion, die wir in gängigen Praxisprogrammen vermissen. Über alle weiteren neuen Funktionen werden ich separat berichten.

Ein wenig Vorschau noch für version 0.2.8.x oder 0.2.9. Das exzellen Dicom-Viewer Tool Osirix hat in der Version eine XML-RPC Schnittstelle erhalten. Ich hoffe, dass wir die neue Version auf dem Mac gut hinbekommen und eine gute Archivintegration mit Osirix erreichen können. Damit könnten dann z.B. Herzkatheter-CDs in einem PACS archiviert werden und im GNUmed-Archiv verlinkt werden.

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GNUmed recognized for inspiring usage of PG inheritance

I came across a blog that deals with inheritance in PostgreSQL and how this particular author had trouble getting it sorted out.

But what is more remarkable than the use of PostgreSQL itself is the fact that two GNUmed source code files are cited as good use of the feature.

While Karsten can be proud of having produced code helping others I personally once more feel thankful for FOSS where one can learn a lot more from a source code example then just plain referance material.

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Bluez Linux no passkey-agent registered

For a GNUmed addon we are working on we need a mobile phone connected to a PC for automatic SMS receival.

There are several packages for Linux available such as Gnokii or Gammu. Each of them supports multiple phone modules. I got a Nokia 6310i online because it is listed as a supported model. Cable connection worked with Gnokii but is unreliable at best. I don't know if this a hardware bug or a software bug.

I switched to bluetooh but it doesn't get much better. I use Gentoo and a very recent bluez package. For some reason the phone is very picky about the USB bluetooth dongle. This is a firmware problem. One is supposed to upgrade to v7.0 oder 5.20. But you need a Nokia service center to do this.I tried a MSI PC2PC bluetooth dongle but that doesn't work so I got another noname dongle which does work. The bluetooth chip in my Lenovo R60 works as well.

Anyway on my OpenSuse 10.3 paring is no problem for either the internal bluetooth or the noname USB bluetooth dongle but on the server I run Gentoo without X. The paring process is a PITA. On a GNOME system the graphical bluetooth applet helps a lot with the pairing but on a system without Xserver the process fails.

If you use hcitool and hcidump you find out that apprently no passkey-agent gets registered. There is a commandline tool calles passkey agent which can be invoked like : passkeyagent --default 0000. Part of the problem seems to be that pairing seems to be split into bonding and authentication. Well bonding seems to work as the phone wants me to input a PIN number but then it just sits there.

As far as I have learned there are three modes to do the authentication: 'auto, 'user' and 'none'. I chose 'user' mode because this supposedly asks the user for the PIN.

Bluez changed quite a bit so the pin_helper option in the hcid.conf file is no more. It is managed by the passkey option nowadays.

Anyway after manually registering a passkey-agent it doesn't bail out but Gnokii doesn't connect when I issue 'gnokii --identify'. Hcidump tells me that a pin request is issued but is cancelled later on.

I am now trying to install an Xserver to make use of the graphical passkey-agents since it is no hardware issue apparently.

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GNUmed project statistics

de_DE

GNUmed ist nicht nur als Software für Ärzte interessant. Es gibt einige interessante Statistiken von oloh.net und koders.com

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GNUmed - as easy as it gets ?

de_DE
Wie findet man die richtige Mischung zwischen sauberer Programmierung und Anwenderfreundlichkeit ?

Vor dieser Frage stehen wir oft. Im Laufe der Zeit ist es immer leichter geworden GNUmed zu installieren. Das ist gut denn die Installation kommt vor der Nutzung. Ziel ist ja, dass viele Nutzer etwas vom Programm haben. GNUmed existiert aktuell für Debian, openSUSE und Mandrake sowie Ubuntu. Aber selbst die native Installation fällt einigen Anwendern schwer.

Immer wieder wurden wir angesprochen, dass GNUmed so installiert werden soll, dass GNUmed nach dem Download läuft ohne, dass noch Sachen installiert werden müssen. Ich bin gestern auf Chandler (www.chandlerproject.org) gestossen. Und die haben vor uns erkannt wie es geht. Also habe ich mich umgeschaut.

Ab Version 0.2.8.0 wird es eine Version geben, die sofort nach dem Download läuft ohne, dass Zusatzpakete wie python, wxpython usw. installiert werden müssen.

Wer openSUSE hat profitiert von der One-Click-Installation - Klick & install. Für alle Linuxdistributionen kann der Anwender wählen ob die nativen Pakete installiert werden sollen oder die Download & Run Version zum Einsatz kommen soll.

en_US
A frequent user request has been an even easier installation than what we have now. We have packages available for Debian , Ubuntu , openSUSE and Mandrake. It turns out that this method works well for the experienced GNU/Linux user but is not ideal for beginners.

Since I stumbled upon the chandler project I discovered a way to get GNUmed running easier. They managed to get rid of using system wide python installation. Nice. Same will hold true for version 0.2.8.0. Download and run is the magic concept.

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GNUmed, Debian, UMTS und mehr

Uwe hat die zwei Stunden Fahrt auf sich genommen und ist nach Leipzig gekommen. Wir haben auf seinem IBM T40p Notebook Debian GNU/Linux installiert.
Dann wurde GNUmed als stabile Version 0.2.7.1 und als CVS-Version installiert. Das involvierte wenig mehr als apt-get install gnumed-client.

Als wir das fertig hatten und mit dem client auf die öffentliche Datenbank zugreifen konnten, wurde die E-PLUS UMTS-Karte in Betrieb genommen. Debian hat die Karte selbständig erkannt. Aus Zeitmangel haben wir statt kppp dann die Programme pon/poff zur An/Abwahl genommen.

Dann haben wir getestet ob darüber GNUmed nutzbar ist. Wit haben das Netzwerkkabel abgezogen und uns errfolgreich mit der öffentlichen Datenbank verbunden. Insgesamt erschien mir die Bandbreite von UMTS etwas schmal aber es lief alles stabil. Für den Hausbesuch ist die Lösung mit GNUmed also allemal geeignet.

Zu guter Letzt haben wir noch von Gnome auf KDE umgestellt weil damit mehr Erfahrung vorhanden war. Ein einfaches apt-get install kde und die Sache war erledigt.

Für die Inbetriebnahme des WLAN mussten wir Nichts weiter tun als den Anweisungen folgen. Es zeigten sich sofort alle Zugangspunte im Umkreis. Lediglich Networkmanager zickt noch rum sodass momentan die Auswahl der Zugangspunkte manuell erfolgen muss.

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GNUmed Windows Datenbank Fix

Der Fehler, der unter Windows zu einem ständigen Neuanlegen von Patienten aus xDT-Dateien geführt hat ist behoben. Neue Installationspakete folgen wie gewohnt unter http://www.gnumed.de/downloads/

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GNUmed Vortrag

Karsten hat auf der Python Konferenz in Leipzig einen Vortrag zu GNUmed gehalten. Die Ankündigung gibt es hier . Die Kollegen haben ein Video davon erstellt. Dauer ist ca. 20 Minuten. Es gibt den Vortrag auf DVD oder auch in geringerer Qualität hier zum download.

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GNUmed weekly 43/2007

GNUmed 0.2.7.2 is around the corner. Some bugs have been fixed.

Feedback from Mandriva users. Apparently the openSUSE spec file has been used to build Mandriva packages.

openSUSE packages for 10.2 and 10.3 are available through a repository and OneClick installation
If you are running OpenSUSE 10.3 click this link to install gnumed-client . To add the repository through yast see here .
For zypper on the command line run as root:
zypper sa http://download.opensuse.org/repositories/home:SebastianHilbert/openSUSE_10.3 MedicalFOSS

Ubuntu Gutsy has been updated with a patched package that solves the psycopg2 related problem.
Just add: deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ gutsy-proposed universe to your /etc/apt/sources.lst

There is one bug left for Windows and PostgreSQL 8.2 but this will be fixed for 0.2.7.2.

More exciting developement has occured in CVS head. A backend listener has been implemented. For details see here.

We are currently looking into ways to get input from devices such as Biotronik Cardiomessenger or SMS from mobile phones into GNUmed. Stay tuned for more details.

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GNUmed client RPM available

en_US

I have finally gotten around to learn to produce rpm packages. In theory it is
really easy. The hard part is to get the install part right. While the rpms
are by no means perfect they should do the job for openSUSE 10.3 . I guess
with few modifications they should work on Mandriva and Fedora as well.

I am posting early revisions at the usual download space for all to try.
I am planning on using Novell's buildservice later on.

http://download.opensuse.org/repositories/home:/SebastianHilbert/openSUSE_10.3/i586/

Feedback is greatly appreciated. Log files of attempts to tun the thing as
well.

log files will turn up at /home/foouser/.gnumed/gnumed.log

It is advisable to place a config file at /home/foouser/.gnumed/gnumed.conf
A useful sample can be gotten from
http://cvs.savannah.gnu.org/viewvc/*checkout*/gnumed/gnumed/client/gm-from-cvs.conf?revision=1.17&root=gnumed

and rename it to gnumed.conf

de_DE
Ich habe mich mal hingesetzt und in kanpp 24h das 1x1 des Paketerstellens gelernt. Ich benutzte openSUSE 10.3 und das arbeitet mit RPM-Paketen. Diese werden auch von Mandriva und Fedora verwendet. Nach unzähligen Versuchen und Anpassungen des Rezeptes (spec-Datei) kamen dann drei Pakete für GNUmed 0.2.7.1 heraus.

http://download.opensuse.org/repositories/home:/SebastianHilbert/openSUSE_10.3/i586/

Ich hoffe sehr auf Rückmeldungen damit die Pakete verbessert werden können.
Log-Dateien erscheinen unter /home/foouser/.gnumed/gnumed.log

Es ist ratsam eine Konfigurationsdatei unter /home/foouser/.gnumed/gnumed.conf abzulegen. Eine hilfreiche Beispieldatei findet sich unter

http://cvs.savannah.gnu.org/viewvc/*checkout*/gnumed/gnumed/client/gm-from-cvs.conf?revision=1.17&root=gnumed

und sollte als gnumed.conf gespeichert werden.

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gmSnellen is back

en_US
GNUmed now carries gmSnellen again. One can access it through the menu.
http://en.wikipedia.org/wiki/Snellen_chart

de_DE
GNUmed hat wieder eine Augentafel für Sehprüfungen. Die Tafel ist medizinisch nicht validiert und dient daher nur der Übersicht oder im Notfall.

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GNUmed live CD cooking

en_US
Thanks to the Debian Live project I have been able to produce a set of live images. The first version is a bootable CD based on a stable Debian version . Right now I have just added the GNUmed client. The new issue here is less a bootable CD but rather the possibility to produce an up-to-date CD as soon as a new version of GNUmed is released. I have decided to go with KDE for now but this might change to XFCE or GNOME if there is demand.

I have yet to extend this CD with a PostgreSQL server and a GNUmed database. There is no customized artwork yet but this will change with future versions.

Version 0.2.7.1 is around the corner as a few nasty bugs have been discovered by our users and subsequently been debugged and fixed.

de_DE
Dank Debian Live ist es nun endlich möglich regelmässig mit Erscheinen einer neuen GNUmed-Version eine aktuelle Live-CD anzubieten. Vorbei sind die Zeiten in denen aufwändig KNOPPIX CDs angepasst werden mussten. Fast auf Knopfdruck kommt jetzt einer aktualisierte Version daher.

Ich bin mir noch nicht sicher ob XFCE, KDE oder GNOME das Rennen machen wird. Hängt massgeblich von den Nutzerwünschen ab.

GNUmed 0.2.7.1 steht vor der Fertigstellung und behebt eine Reihe von Schönheitsfehlern unter Windows und GNU/Linux.

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GNUmed server unter Debian GNU/Linux

en_US
A few people have asked for instructions to install a GNUmed server part, namely database. Well, some time ago Karsten introduced the script 'dh-install_gnumed_server.sh' This so rocks. Just download the script, become root and run it. It will install all the packages needed and produce a current database. Do not run this script if you have a working database already as it will destroy it (after asking you to confirm). Use the upgade-db script like this instead: upgrade-db.sh 6 7.

I have used this today to set up a database on a Debian server and an Ubuntu Feisty vmplayer image without problems.

de_DE
Einige Leute haben um Instruktionen zur Installation des Serverteils von GNUmed ersucht. Da fiel mir ein, dass Karsten vor einigen Wochen das Skript 'dh-install_gnumed_server.sh' bereitgestellt hat. Einfach das Skript herunterladen und installieren. Dadurch werden automatisch alle notwendigen Voraussetzungen erfüllt und eine aktuelle GNUmed-Datenbank erzeugt. Aber Vorsicht. Das Skript sollte nicht verwendet werden wenn bereits eine funktionsfähige Datenbank existiert ! Für diesen Fall sollte das Skript upgade-db wie folgt verwendet werden : upgade-db.sh 6 7.

Ich habe das auf zwei Rechnern mit Debian und Ubuntu Feisty ausprobiert und es funktioniert sehr gut.

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